Es sencillo: antes ya andaba desnudo... pero no le daba vergüenza porque era inocente. Desde que comió el fruto del árbol, ya no es, ni puede ser inocente.
Es una forma de explicar que el conocimiento no sólo implica poder, sino responsabilidad. Antes Adán y Eva podían andar por el Paraíso como un par de críos, pero eso ya no es posible. Son conscientes que están desnudos, equivale a decir que son conscientes de haber obrado mal. Por ello, la respuesta de Dios es la que es. Es lo que los católicos llaman el "Pecado original" que no es más que la conciencia del bien y el mal (o sea, la capacidad de obrar conscientemente de una manera o de otra-nada que ver con el hecho de arrepentirse luego o no, que quede bien claro).